Các dấu tích lâu đời nhất về hoạt động của con người trên lãnh thổ ngày nay của Pakistan bắt nguồn từ thời kỳ Đồ đá cũ có độ tuổi vào khoảng 500.000 năm. Vào khoảng 8.000 năm TCN việc chuyển đổi từ săn bắn và hái lượm sang trồng trọt và chăn nuôi đã hoàn tất tại đây, kèm theo đó là việc định cư. Nền văn minh sông Ấn phát triển từ nền văn hóa nông nghiệp lâu đời này, một nền văn hóa nông nghiệp cũng xuất hiện trên các đồi của vùng Belutschistan trong Pakistan ngày nay. Thành phố được khảo sát tốt nhất của thời gian này là Merhgarh, hình thành khoảng 6.500 TCN. Những người nông dân tại đấy trồng lúa mì và thuần hóa bò và cũng đã sử dụng đồ gốm từ 5.500 năm TCN. Thêm vào đó, từ khoảng 4.000 năm TCN, đậu, vừng, chà là và bông vải đã được trồng và trâu nước, cho đến nay vẫn là động vật thiết yếu cho nông nghiệp Nam Á, được thuần phục. Vào khoảng 2.600 TCN các làng mạc nhỏ đột ngột biến đổi thành đô thị với hằng ngàn dân cư không còn chủ yếu là làm việc trong nông nghiệp nữa. Một nền văn hóa hình thành, tạo nên nhiều thành phố được xây dựng giống nhau trong phạm vi 1.000 km. Dường như việc xuất hiện những thành phố này là kết quả của một nỗ lực có chủ định và có kế hoạch. Một vài thành phố được xây dựng lại hoàn toàn hay được xây dựng mới từ đầu có thể nhìn thấy thí dụ như tại Mohenjo Daro, nơi không tìm thấy dấu vết nào của một làng mạc trước đó. Việc xây dựng nhiều thành phố trong thung lũng sông Ấn giống nhau đến mức có thể nói là nền văn minh Harappa là nền văn minh đầu tiên đã phát triển quy hoạch đô thị. Những học giả trước đây chỉ có thể giải thích sự xuất hiện đột ngột này bằng yếu tố từ bên ngoài như bị xâm chiếm hay di dân. Thế nhưng nhận biết mới đây đã chứng minh rằng nền văn minh Harappa trong vùng này thật sự hình thành từ nền văn hóa nông nghiệp trước đó.